1. Fully three-dimensional image reconstruction from transmission electron-microscopy projections OTAN (CRG 960070) (1/3/96-31/3/00)
    Participants: Biocomputing unit (CSIC, SP), Medical Image Processing Group (Pennsylvania University, USA)
  2. Bioimage: A european database of biological volume images EU (BIOTEC) (PL 960472) (1/12/96-1/12/99)
    Participants:
  3. Desarrollo y aplicación al sistema de las helicasas hexaméricas de nuevas estrategias de reconstrucción tridimensional a resolución macromolecular Ministerio de Educación y Cultura / Sociedad Max Planck (1/1/98-31/12/99)
    Participants: Biocomputing unit (CSIC, SP),  Department of Structural Biology (Max-Planck-Institute for Biophysics, DE)
  4. Análisis estructural del antígeno T de SV40: Su caracterización estructural y el desarrollo de nuevas técnicas de procesamiento de imágenes multidimensionales CAM 07B/0027/1997 (1/11/97-1/11/99)
    Participants: Biocomputing unit (CSIC)
  5. Reconstrucción tridimensional en microscopía electrónica: Organización de volúmenes en la base de datos BioImage, desarrollo de nuevas metodologías de procesamiento de imagenm y aplicación al estudio estructural de diversas helicasas hexaméricas CICYT (P.N: Biotec., BIO 98-0761) (1/9/98-1/9/01)
    Participants: Biocomputing Unit (CSIC, SP)
  6. Integration of information about macromolecular structure EU (QLRI-CT-2000-31237) (1/10/00-1/10/03)
    Participants:  Biocomputing unit (CSIC, SP), MSD (European Bioinformatics Institute, EMBL, UK), Structural Biology Division (Wellcome Trust Centre for Human Genetics, UK ), Department of Structural Biology (Max-Planck-Institute for Biophysics, DE)
  7. Image processing in biological 3D electron microscopy NIH 1R01HL67465-01 (1/9/01-1/9/13)
    Participants: City University of New York, Biocomputing Unit (CSIC)
  8. Análisis estructural a resolución media de macromoléculas biológicas: una aproximación conjunta desde la biología y la bioinformática estructural CICYT BIO2001-1237 (2001-2004)
    Participants: Biocomputing Unit (CSIC)
  9. Desarrollo de técnicas de eliminación de ruido en imágenes y aplicación a microscopía electrónica y astronomía CEU 17/02 (1/7/2002-1/7/2004) (Project leader)
    Participants: División de Ingeniería (CEU)
  10. Replication initiation proteins as new targets for bacterial growth inhibition. EU (QLK2-CT-2000-00634)
    Participants: Biocomputing Unit (CSIC)
  11. Red temática FIS: IM3 . Imagen médica molecular y multimodalidad. Análisis y tratamiento de imagen médica. FIS G03/185 (2003-2005)
    Participants: Biocomputing Unit (CSIC) and other 32 groups.
  12. Doped derivative-free algorithms for medical-image registration SNF (2153-066938) (1/4/2002-31/3/2004)
    Participants: EPFL
  13. Hacia la comprensión de la riqueza estructural de las nanomáquinas moleculares. CICYT (BFU2004-00217/BMC) (1/9/2004-1/9/2007)
    Participants: Biocomputing Unit (CSIC), DISET (CEU), Informática (UAM)
  14. Técnicas de procesamiento de señales multidimensionales aplicadas a biología estructural mediante microscopía electrónica
    CAM (GR/SAL/0342/2004) (1/1/2005-31/12/2005) (Project leader)
    Participants: DISET (CEU), Informática (UAM), Arq. Computadores (UAL)
  15. New electron microscopy approaches for studying protein complexes and cellular supramolecular architecture
    UE (FP6-502828) (1/3/2004-31/12/2008)
    Participants: CNB (CSIC) and 15 other groups
  16. Generación automática de correspondencias entre ontologías con aplicación al análisis de bases de datos de genómica y proteómica CEU (08/04) (1/10/2004-31/9/2006)
    Participants: CEU
  17. Reconstrucción tridimensional de alta resolución en cámaras PET para animales pequeños
    FIS (FIS PI040683) (1/1/2005-31/12/2007)
    Participants: UAM and 6 groups
  18. Técnicas de procesamiento de señales multidimensionales aplicadas a biología estructural mediante microscopía electrónica
    CEU (PC14/05) (1/9/2005-31/8/2006) (Project leader)
    Participants: DISET (CEU)
  19. Herramientas para el análisis y estudio de registros polisomnográficos de pacientes con alteraciones cardiopulmonares del sueño
    CEU (1/9/2007-31/8/2009)
    Participants: Lab. Bioingeniería (CEU, USP-PPC 04/07)
  20. Image Processing in Biological 3D Electron Microscopy
    NIH 5R01HL070472-07 (1/1/2005-31/8/2009)
    Participants: Biocomputing Unit (CSIC) and Digital Imaging Group (CUNY)
  21. Centrosoma 3D (Proyecto Consolider)
    Ministerio de Educación y Ciencia CSD2006-00023 (1/11/2006-30/10/2009)
    Participants: Biocomputing Unit (CSIC) and other groups
  22. Hacia la proteómica funcional: una aproximacion conjunta desde la proteómica, la bioinformática y la biología estructural
    Comunidad de Madrid S-GEN-0166-2006 (1/1/2007-31/12/2011)
    Participants: Biocomputing Unit (CSIC)
  23. Análisis de grandes cantidades de imágenes de microscopia electrónica tridimensional: desarrollo de métodos y aplicación al análisis del replisoma
    Ministerio de Educación y Ciencia BIO2007-67150-C03-1 (1/1/2007-4/10/2010)
    Participants: Biocomputing Unit (CSIC), Univ. Autónoma de Madrid and Univ. Complutense
  24. Consorcio para el Desarrollo de Tecnología Avanzada de Imagen Médica (CDTEAM, Proyecto Cénit)
    Ministerio de Educación y Ciencia (1/9/2007-31/8/2009)
    Participants: Biocomputing Unit (CSIC) and other groups
  25. Tomografía de rayos X: una herramienta de integración entre biología molecular y celular.
    CSIC Proyecto Intramural de Frontera (PIF08-020-2) (1/9/2008-31/08/2010)
    Participants: Biocomputing Unit (CNB, CSIC) and other groups. Subproject leader.
  26. Associated Center for Image Processing in Microscopy for Structural Biology.
    Ministerio de Ciencia e Innovación ACI2009-1022 (1/1/2010-31/12/2010).
    Participants: Biocomputing Unit (CNB, CSIC).
  27. Four-dimensional cryo-transmission electron microscopy of large macromolecular assemblies.
    CSIC 2009FR0015 (1/1/2010-31/12/2010).
    Participants: Biocomputing Unit (CNB, CSIC) and CNRS (project leader).
  28. Parallel-Scalable Single-Particle Analysis in 3D Electron Microscopy.
    EU FP6 project RI-031513 and the FP7 project RI-222919 (1/10/2010-30/4/2011).
    Participants: Biocomputing Unit (CNB, CSIC) and CNRS (project leader).
  29. Puesta en marcha del Centro Asociado INSTRUCT en procesamiento de imágenes en Microscopía.
    Ministerio de Ciencia e Innovación ACI2010-1088 (1/1/2011-31/12/2011).
    Participants: Biocomputing Unit (CNB, CSIC).
  30. Hacia luna Microscopía electrónica tridimensional de alto rendimiento.
    Ministerio de Ciencia e Innovación BIO2010-16566 (1/1/2011-31/12/2013)
  31. Transnational access and enhancement of integrated Biological Structure
    determination at synchrotron X-ray facilities (BioStructX)    . European Union 283570 (1/9/2011-1/9/2015).
    Participants: CNB, CSIC and 18 other partners.
  32. Comienzo de la fase operativa del Instruct Image Processing Center.
    Ministerio de Ciencia e Innovación AIC-A-2011-0638 (1/12/2011-1/9/2017).
    Participants: Biocomputing Unit (CNB, CSIC).
  33. Four-dimensional transmission electron microscopy of macromolecular assemblies.
    CSIC 2012FR01 (01/01/2012-31/12/2014)
    Participants: Biocomputing Unit (CNB, CSIC) and CNRS (project leader).
  34. Procesamiento tridimensional de imagen robusto y automatizado en Biología Estructural.
    Ministerio de Economía y Competitividad BIO2013-44647-R (1/1/2014-31/12/2016)
    Participants: Biocomputing Unit (CNB, CSIC).
  35. EGI-Engage: Engaging the EGI Community towards an Open Science Commons.
    European Union 654142 (1/3/2015-31/8/2017)
    Participants: Biocomputing Unit (CNB, CSIC).
  36. Corbel: Coordinated Research Infrastructures Building Enduring Life-science services.
    European Union 654248 (1/9/2015-31/8/2019)
    Participants: Biocomputing Unit (CNB, CSIC).
  37. Inext: Infrastructure for NMR, EM and X-ray crystallography for translational research.
    European Union 654142 (1/9/2015-31/8/2019)
    Participants: Biocomputing Unit (CNB, CSIC).
  38. West life: World-wide E-infrastructure for structural biology.
    European Union 675858 (1/11/2015-31/10/2018)
    Participants: Biocomputing Unit (CNB, CSIC).
  39. Flex3D: Análisis en alto rendimiento de flexibilidad estructural tanto por cryiomicroscopía electrónica como por criomicroscopía de rayos X blandos.
    Ministerio de Economía y Competitividad BIO2016-76400-R (30/12/2016-29/12/2019) (Project leader)
    Participants: Biocomputing Unit (CNB, CSIC).
  40. Instruct Ultra: Releasing the full potential of Instruct to expand and consolidate infrastructure services for ntegrated structural life science research.
    European Union 731005 (1/1/2017-31/12/2020)
    Participants: Biocomputing Unit (CNB, CSIC).
  41. EOSCpilot.
    European Union 739563 (1/7/2017-31/12/2018)
    Participants: Biocomputing Unit (CNB, CSIC).
  42. HighResCells: A synergistic approach toward understanding receptor signaling in the cell at very high resolution.
    European Union ERC Synergy 810057 (1/3/2019-28/2/2023)
    Participants: Biocomputing Unit (CNB, CSIC).
  43. EOSC-Life: Providing an open collaborative space for digital biology in Europe.
    European Union 824087 (1/3/2019-28/2/2022)
    Participants: Biocomputing Unit (CNB, CSIC).
  44. iNext-Discovery.
    European Union 871037 (1/2/2020-31/1/2024)
    Participants: Biocomputing Unit (CNB, CSIC) and other European groups
  45. AIM CryoEM: Procesamiento de imagen avanzado orientado al análisis de partículas individuales en microscopía electrónica en condiciones criogénicas (project leader)
    Ministerio de Ciencia e Innovación PID2019-104757RB-I00 (1/6/2020-31/5/2023)
    Participants: Biocomputing Unit (CNB, CSIC).
  46. Towards enhancing throughput in streaming cryo Electron Microscopy lmage Processing (project leader)
    Gandeeva Therapeutics, Inc. (13/1/2021-13/1/2022)
    Participants: Biocomputing Unit (CNB, CSIC).