1. Antoine Beuchat. Multivariate statistical analysis and classification of zygotes. Master thesis (Microtechnique Eng.). Swiss Federal Institute of Technology Lausanne (2005)
2. David Rodríguez Martínez. Generador automático de interfaces gráficos web. Diplomma project (Computer science). Univ. San Pablo - CEU (2005)
3. Javier Rodríguez Fernández. Análisis de sensibilidad de la función de transferencia de contraste de un microscopio electrónico. Diplomma project (Computer Science). Univ. San Pablo - CEU (2006)
4. Elena de Lucas Matesanz. Creación de un acceso orientado a objetos a una base de datos relacional (Reactome). Diplomma project (Computer Science). Univ. San Pablo - CEU (2006)
5. Alejandro Novo Martínez. Interfaz de consulta orientada a objetos sobre CATH y SCOP. Diplomma project (Computer Science). Univ. San Pablo - CEU (2006)
6. Iván Manzanedo Anglarill. Análisis y adaptación del modelo de datos de Uniprot a un modelo orientado a objetos. Diplomma project (Computer Science). Univ. San Pablo - CEU (2006)
7. Jesús María García Fernández. Portabilidad C++-Python, un caso de aplicación: Xmipp. Diplomma project (Computer Science). Univ. San Pablo - CEU (2006)
8. Manuel Rives Faura. Sistema telemático para la monitorización y control de un negocio con varias sucursales. Diplomma project (Electrical Eng.). Univ. San Pablo - CEU (2007)
9. Elena Alonso Yebra. Design of GPS positioning algorithms using the phase of the carrier signal. Master Thesis (Electrical Eng.). Univ. San Pablo - CEU (2008) Premio al "Mejor Proyecto Fin de Carrera de Ing. Telecomunicación"
10. Ignacio Fernández Moreno. Estimación de los ángulos de proyección en procesos de reconstrucción de volúmenes a partir de micrografías. Master Thesis (Electrical Eng.). Univ. San Pablo - CEU (2008)
11. Álvaro Martínez-Leiva Rodríguez. Automatización de las medidas de preferencia condicionada a los lugares en estudios de desintoxicación a cocaína en animales de laboratorio. Master Thesis (Electrical Eng.). Univ. San Pablo - CEU (2008) Premio al "Mejor trabajo de iniciación a la investigación"
12. Enrique Recarte Llorens. Detección automática de partículas en micrografías. Master Thesis (Electrical Eng.). Univ. San Pablo - CEU (2008)
13. David Bravo Alcobendas. Clasificación no supervisada de documentos. Master Thesis (Electrical Eng.). Univ. San Pablo - CEU (2008)
14. David Rodríguez Martínez. Desarrollo de flujos de trabajo en Python a partir de librerías en C++. Master Thesis (Computer Science). Univ. San Pablo - CEU (2008)
15. Manuel Sánchez Pau. Diseño de filtros orientables para la detección de estructuras laminares y tubulares en volúmenes. Master Thesis (Electrical Eng.). Univ. San Pablo - CEU (2009)
16. Juan Antonio Izaguirre. Sistema de procesado y análisis de señales de bolsa. Master Thesis (Electrical Eng.). Univ. San Pablo - CEU (2009)
17. Fernando Fuentes Arija. Restauración de volúmenes de microscopía electrónica de partículas individuales. Master Thesis (Electrical Eng.). Univ. San Pablo - CEU (2010) Premio al "Mejor Proyecto Fin de Carrera de Ing. Telecomunicación"
18. Lucía Gallego Quevedo. Detection of microscope aberrations in electron microscopy. Master Thesis (Electrical Eng.). Univ. San Pablo - CEU (2011)
19. Álvaro Capell Osorio. Blind quality estimation of 3D micrograph reconstructions. Master Thesis (Electrical Eng.). Univ. San Pablo - CEU (2011)
20. Juan José Vega Gea. Mosaic techniques for electron microscopy imaging. Master Thesis (Computer Science.). Univ. Almería (2012)
21. Javier Sánchez Jiménez. Integración de diferentes paquetes de Tomografía Electrónica. Master Thesis (Electrical Eng.). Univ. San Pablo - CEU (2012)
22. Airen Zaldívar Peraza. FluoJ: Tool for Image Analysis and Classification of Fluorescent Motifs. Master Thesis (Biophysics). Univ. Autónoma de Madrid (2012)
23. Elisa Santos Benito. Estudio farmacocinético del fármaco ICJ 3393. Master Thesis (Pharmacy). Univ. San Pablo CEU (2016)
24. Jesús González Casablanca. Tomografía electrónica en ciencia de materiales. Master Thesis (Physics). Univ. Complutense de Madrid (2017)
25. David Herreros Calero. Image processing algorithms for electron microscopy. Bachelor Thesis (Biomedical Eng.). Univ. Carlos III (2019)
26. Estrella Fernández Giménez. Integration and analysis of the results of three methods to estimate particle local defocus in cryo-EM using Scipion. Master Thesis (Biophysics). Univ. Autónoma de Madrid (2019)
27. Federico de Isidro Gómez. Image processing algorithms for the determination of the optical aberrations of an electron microscope. Bachelor Thesis (Biomedical Eng.). Univ. San Pablo CEU (2019)
28. David Herreros Calero. Continuous heterogeneity analysis of biological macromolecules. Master Thesis (Biophysics). Univ. Autónoma de Madrid (2020)
29. Federico de Isidro Gómez. Algorithm automatization for tilt-series alignment and tomogram reconstruction in cryo-electron tomography. Master Thesis (Biophysics). Univ. Autónoma de Madrid (2020)
30. Jokin Eguía Sánchez. Mejora de la detección de neoantígenos tumorales mediante el uso de tecnología de aprendizaje automático. Master Thesis (Genetics and Cell Biology). Univ. Autónoma de Madrid (2020)
31. Paola Núñez Hernández. Data mining of structural, genomic and proteomic annotations for biological macromolecules. Bachelor Thesis (Biomedical Eng.). Univ. Carlos III (2020)
32. Ana San Martín. Integration of tridimensional reconstruction and classification algorithms for single particle analysis. Bachelor Thesis (Electrical Eng.). Univ. San Pablo CEU (2020)
33. Alberto Parra Pérez. Integración en Scipion del software de docking molecular Rosetta DARC para su aplicación en descubrimiento y reposicionamiento de fármacos. Master Thesis (Bioinformatics). Univ. Autónoma de Madrid (2021)
34. Sara Guillén Fernández-Micheltorena. Data Mining of Biological Macromolecules Annotations. Bachelor Thesis (Biomedical Eng.). Univ. Carlos III (2021)
35. Daniel Marchán Torres. Deep Learning model to estimate the defocus in Cryogenic Electron Microscopy. Master Thesis (Data science). Univ. Navarra (2021)
36. Juan González Cabello. Adaptive sentence similarity applied to biomedical literature. Bachelor Thesis (Biomedical Eng.). Univ. San Pablo CEU (2021)
37. Ana Sanmartín Domenech. COpenMed Spanish medical corpus: a large medical resource for entity normalization. Master Thesis (Artificial Intelligence). Univ. Politécnica de Madrid (2021)
38. Jorge García Condado. Automatic determination of the handedness of electron density maps of macromolecules solved by cryoEM. Master Thesis (Information Health Engineering). Univ. Carlos III (2021)
(Best Master Thesis of the Master)
39. Pedro Febrer Martínez. Implementation of Molecular Dynamics workflow in Scipion and its validation. Master Thesis (Computational Biology). Univ. Politécnica de Madrid (2021)
40. Pilar Ballesteros Cuartero. Development of bioinformatics workflows for the identification of neoantigens in tumor tissues. Bachelor Thesis (Biomedical Engineering). Univ. Carlos III de Madrid (2022)
41. Marcos de las Heras Roncero. Integración de programas de análisis de estructuras macromoleculares para biología estructural, modelos atómicos, y cribado virtual de fármacos. Bachelor Thesis (Computer Science). Univ. Autónoma de Madrid (2022)
42. Ricardo Serrano Gutiérrez. Métodos computacionales para el análisis de estructuras macromoleculares. Bachelor Thesis (Computer Science). Univ. Autónoma de Madrid (2022)
43. Martín Salinas Antón. Integración de programas de análisis de estructuras macromoleculares para biología estructural, modelos atómicos, y cribado virtual de fármacos. Bachelor Thesis (Computer Science). Univ. Autónoma de Madrid (2022)
44. Raquel Vázquez Reza. Development of a classification neural network for the detection of relationships between biomedical entities. Bachelor Thesis (Biomedical Engineering). Univ. San Pablo CEU (2022)
45. Victoria Ayuso Acedo. Diseño de una aplicación educativa para conocimiento biomédico. Bachelor Thesis (Electrical Engineering). Univ. San Pablo CEU (2022)
46. Alba Lomas Redondo. Implementation of Ligand-based Virtual Screening workflow in Scipion and its validation. Master Thesis (Computational Biology). Univ. Politécnica de Madrid (2022)
47. Aida Pinacho. Implementation of a molecular dynamics workflow based on Amber in Scipion. Master Thesis (Computational Biology). Univ. Politécnica de Madrid (2022)
48. Claudia Llorente Pascual. Estructuración Automática de Información Biomédica a partir de Grafos de Conocimiento. Bachelor Thesis (Electrical Engineering). Univ. Carlos III de Madrid (2022)
49. Lobna Ramadane Morchadi. Integration of Pocket Analysis Software in Molecular Dynamics Trajectories for Structural Biology and Virtual Drug Screening in Scipion. Master Thesis (Computational Biology). Univ. Politécnica de Madrid (2022)
50. Unai Rubio Villate. Desarrollo de un repositorio de datos para el desarrollo de algoritmos en microscopía electrónica. Bachelor Thesis (Electrical Enginnering). Univ. Autónoma de Madrid (2023)
51. Oier Lauzirika Zarrabeitia. Development of a fast image alignment algorithm for Cryo-Electron Microscopy. Master Thesis (Electrical Enginnering). Univ. Politécnica de Madrid (2023)
52. Alexandra Navarro Masuet. Exploring Telemedicine: a comprehensive overview of telemedicine, telemonitoring, and technologies for remote health and hypertension monitoring. Bachelor Thesis (Biomedical Engineering). Univ. San Pablo CEU (2023)
53. Adrián Sansiñena Rodríguez. Desarrollo de algoritmos de procesamiento de imagen para el análisis de estructuras macromoleculares por microscopía electrónica. Master Thesis (Computational Statistical Analysis of Information). Univ. Politécnica de Madrid and Univ. Complutense de Madrid (2023)
54. Mikel Iceta Tena. Improvement of the validation capability for cryoET SOI detection workflows inside Scipion. Master Thesis (Computer Science). Univ. Autónoma de Madrid (2023)
55. Oier Lauzirika. Development of novel 3D classification methods for Cryo-Electron Microscopy. Master Thesis (Electrical engineering). Univ. Politécnica de Madrid (2024)
56. Sofía González Matamoros. Integration and evaluation of algorithms for electron microscopy. Master Thesis (Bioinformatics and Computational Biology). Univ. Autónoma de Madrid (2024)
57. Maria Dolores Sanchez de Lara Garcia. Development of an AI algorithm for the prediction of neoantigens in human tumor samples. Master Thesis (Machine Learning for Health). Univ. Carlos III Madrid (2024)
58. Cristina Jiménez de Abadal. Large language model of biomedical concepts extracted from scientific literature. Bachelor Thesis (Biomedical engineering). Univ. San Pablo CEU (2024)

Ph.D. Thesis

1. Ana Iriarte Ruíz. High resolution three-dimensional reconstruction for small animal PET cameras. Ph.D. Thesis (Electrical Eng.). Univ. Autónoma de Madrid (2012)
2. Ana Lucía Álvarez Cabrera. Structural analysis of macromolecular nanomachines by 3D electron microscopy: managing flexibility and heterogeneity in some defined cases. Ph.D. Thesis (Biology). Univ. Autónoma de Madrid (2015)
3. Vahid Abrishami. New computational methods toward atomic resolution in single particle cryo-electron microscopy. Ph.D. Thesis (Computer Science). Univ. Autónoma de Madrid (2016)
4. José Luis Vilas Prieto. Local Quality assessment of cryo-EM reconstructions and its applications. Ph.D. Thesis (Physics). Univ. Autónoma de Madrid (2019) (Best PhD Thesis Prize of the Spanish Soc. Electron Microscopy)
5. David Strelak. Acceleration of image processing algorithms for single particle analysis by electron microscopy. Ph.D. Thesis (Computer Science). Univ. Autónoma de Madrid (2022) (Masaryk Univ. Dean's Award for an Outstanding Doctoral Thesis)
6. Estrella Fernández-Giménez. Desarrollo de algoritmos de procesamiento de imagen para Crio-microscopía Electrónica. Ph.D. Thesis (Electrical Eng.). Univ. Autónoma de Madrid (2024)
7. David Herreros Calero. Deformation fields approximation by 3D Zernike polynomials for the analysis of continuous heterogeneity. Ph.D. Thesis (Computer Science). Univ. Autónoma de Madrid (2024)
8. Ana Cayuela López. Development and application of bioimage analysis methods for advanced optical microscopy. Ph.D. Thesis (Optics). Univ. Complutense de Madrid (2024)